La alteración de su hábitat: a través de todo su hábitat los ríos donde hace vida se han modificado y se han construido presas; ya sea para riego o para otros fines, estos ríos han cambiado de tener un caudal perenne a estacional, lo que dificulta también el desplazamiento de los gaviales a través de los ríos.
Pesca: la intensidad de la pesca se incrementa y el uso de redes de malla atrapa y mata a adultos y subadultos. Esto ocurre hasta en las áreas protegidas.
Agricultura y pastoreo: en gran parte del territorio donde encontramos gaviales mucha de la población depende de los recursos locales y de la agricultura para sobrevivir. Durante la estación seca además los ríos bajan su nivel y es en esta época cuando se planta calabaza y cuando el ganado se concentra para beber en el agua que queda del río, lo que se acusa principalmente en el río Chambal. Estas actividades se producen en las zonas donde los gaviales vana anidar y en la época seca, cuando lo hacen, por lo que estas actividades antropogénicas le afectan muy negativamente.
Utilización: se utilizan excreciones de los machos, glándulas y la grasa para medicamentos tradicionales y aún se conoce su uso en Nepal y en ocasiones en la India. Teniendo en cuenta los pocos machos que quedan en estado salvaje, esta es una amenaza gravísima.
Sus huevos se sacan de los nidos para comérselos, y en el río Girwa (un santuario) casi todos los nidos fueron asaltados por personas en la época de nidificación entre el 2001 y 2005. En el 2006 esta situación cambió gracias a los esfuerzos realizados por ´Wildlife Warden´. Esto es porque los gaviales en la India ponen sus nidos en bancos de arena en zonas de poco movimiento de las aguas de los ríos donde también desarrollan las personas sus actividades.
Parece ser que en 2008 también murieron muchos adultos por un problema de contaminación, por lo que este es otro problema a tener en cuenta.
Sus huevos los depredan ratas, chacaes, jabalíes, mangostas, lagartos, y el hombre. Los juveniles son depredados por estos y otros animales.
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